Một trong những vấn đề của ý tưởng "một dân tộc, một quốc gia" chính là sự tồn tại của các cộng đồng thiểu số, nhất là các dân tộc thiểu số, những người không thuộc nhóm dân tộc "chính" của quốc gia. Theo định nghĩa về một dân tộc của những người ủng hộ thuyết "một dân tộc, một quốc gia", các nhóm sắc tộc thiểu số thường không có được địa vị ngang hàng với dân tộc "đa số". Trong đa số các trường hợp, các cộng đồng xung quanh dân tộc chính của một quốc gia dân tộc bị xem là những thành phần khác biệt. Những ví dụ về các dân tộc "người ngoài" là người Do Thái và người La Mã ở châu Âu.

Những phản ứng tiêu cực mà các dân tộc thiểu số thường phải gánh chịu khá đa dạng, từ việc bị cưỡng ép đồng hóa đến việc thanh lọc sắc tộc, bị khủng bố về vật chất và tinh thần, bị trục xuất hoặc nặng nhất là bị dân tộc "chính" diệt chủng. Việc đồng hóa thường được thực thi bởi chính quyền, còn các hành động bạo hành, khủng bố các cộng đồng sắc tộc thiểu số có thể là tự phát, ví dụ như việc những nhóm quá khích tổ chức các cuộc tấn công vào các cộng đồng thiểu số, ví dụ việc hành hình lynch ở Mỹ và việc tàn sát người Do Thái. Nhiều vụ bạo hành khủng khiếp và dã man đối với các nhóm sắc tộc thiểu số đã từng xảy ra trong các quốc gia dân tộc— tại thời điểm đó các cộng đồng thiểu số không được xem là một phần của quốc gia.

Tuy nhiên, một số quốc gia dân tộc chấp nhận một số cộng đồng thiểu số như là một phần của quốc gia, và thuật ngữ dân tộc thiểu số được dùng tương đối phổ biến ở các quốc gia này. Ví dụ người Sorb: suốt nhiều thế kỷ họ sống trong những lãnh thổ của các cộng đồng nói tiếng Đức, và hiện nay họ được nước Đức xem như là một phần của quốc gia, được chính quyền đảm bảo đầy đủ các quyền lợi của một công dân Đức. Tuy nhiên trong số hàng ngàn cộng động sắc tộc và văn hóa thiểu số trên thế giới, rất ít cộng đồng được tôn trọng và bảo vệ như vậy.

Chủ nghĩa đa văn hóa là một chính sách của nhiều quốc gia hiện nay, dựa trên ý tưởng về sự tồn tại hòa bình giữa các cộng đồng sắc tộc, văn hóa và ngôn ngữ khác nhau. Nhiều quốc gia hiện này đã ban hành các quyền thiểu số.